MALDI質譜分析作為一種對生物組織切片的目標生物分子直接分析方法近年來已受到關注（諸如小分子代謝物、脂質、肽、蛋白）。它被期望應用于搜索位于疾病部位的生物標記物。一般來說，將冰凍切片作為待分析的組織切片。通過MALDI方法，前處理裝置（比如CHIP-1000）可以統(tǒng)一地將基質溶液打印在組織切片上。在添加過基質以后，MALDI-TOF質譜分析組織切片并檢測目標生物分子的m/z。在疾病的生物標志物研究中，對比損傷部位和正常部位的質譜峰變化來搜尋特征質譜峰作為生物標志物。

這里有一個例子，用MALDI-TOF直接檢測用藥后肝組織切片的磷脂變化，肝組織切片來自用過四氯化碳導致肝受損的小鼠。

對5周大的ICR小鼠腹腔注射給藥四氯化碳(1.0 mL/kg)。 分別在15分鐘和48小時后解剖，并將肝組織用蘇木素伊紅染色。（在給藥48小時后的肝組織中央靜脈附近確認有壞死及細胞浸潤）

相應的冰凍切片通過前處理裝置用CHCA基質處理，然后用MALDI-TOF直接分析。

CV: 中央靜脈; PV: 門靜脈; 黃圈: 細胞浸潤

MALDI-TOF對冰凍組織切片直接分析結果

四氯化碳給藥48銷售后MALDI-TOF直接對冰凍組織切片分析獲得的質譜峰代表性地揭示了譜峰變化。
MS和MS/MS分析鑒定這些峰是質子化的卵磷脂（PC）PC 32:0，PC 34:2，PC 34:1和加鉀分子。
這些波動的相關對比顯示了3種磷脂成分的生物統(tǒng)計性變化，在給藥四氯化碳以后。一般來說，四氯化碳給藥引起的肝受損小鼠模型已知用于研究急性肝細胞壞死到肝細胞分裂并再生。

這種直接的質譜分析實現(xiàn)了從組織切片里直接檢測到肝再生的磷脂變化特征。

質譜成像系統(tǒng)

CHIP-1000化學打印機能夠統(tǒng)一打印極微量水平的酶和基質試劑。它是必不可少的質譜成像技術前處理工具。島津公司發(fā)明的獨特的前處理方法可分析福爾馬林處理過的石蠟包埋組織切片�；瘜W打印機和MALDI-TOF質譜聯(lián)用來分析體內代謝物變化和搜尋疾病生物標志物是非常有效的。